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[레포트(report) ]유전체 염기서열 결정 방법

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작성일 19-07-11 23:33

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2. 조각을 전기영동한 후 1.6~2.0kb 사이의 DNA조각을 아가로스겔에서 분리 하여 플라스미드 벡터에 클로닝한다.
유전체 더듬기 탐색
라이브러리에서 하나의 클론에서 처음 하여 이클론의 삽입서열과 중복되는 서열을 가진 두 번째 클론을 찾고 두 번째 클론의 삽입서열과 중복되는 서열을 가진 세 번째 클론을 찾는 방법을 반복 하는 것
-클론 콘티그 조립을 위해 고안된 첫 번째 방법 이다
간단한 방법은 혼성화 탐침을 이용 하는 것.
1)처음 클론의 삽입서열을 라이브러리의 다른 모든 클론을 탐색할 혼성화 탐침으로 이용 하는 것.
- 삽입 서열이 탐침과 중복되는 클론은혼성화 신호를 나타내고, 이 삽입서열을 새로운 탐침으로 이용하여 다음 더듬기 탐색을 계속할 수 있다아
이 방법은 만일 탐침이 반복서열을 포함하고 있으면 중복 클론뿐 아니라 반복서열이 있는 삽입서열을 가진 다른 클론과도 혼성…(생략(省略))

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다.
3. 위의 결과로 얻은 라이브러리로부터 클론을 얻는다.
4. DNA 삽입서열의 말단-서열을 찾는다.
순서

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[레포트(report) ]유전체 염기서열 결정 방법
인접 DNA 염기서열 조립

1. 샷건법에 의한 염기서열 조립
샷건법 - 짧은 서열에서 단순히 중복된 부분을 찾아 직접 마스터 염기서열로 조립하는 방법(유전체에 대한 사전 지식이 필요 X, 물리적 지도가 없이 가능)

샷건법 이용
H.influenzae(폐렴균) 유전체 지도

1. 초음파처리(sonication)기술로 유전체 DNA를 무작위로 조각을 낸다.
5.컴퓨터로 서열 콘티그를 구축
6 .두 서열 콘티그 사이의 서열 간극을 채운다
2. 클론 콘티그법에 의한 염기서열 조립
클론 콘티그법은 진핵생물의 유전체의 염기서열을 얻는 전통적 방법
유전적, 물리적 방법으로 지도가 작성된 미생물 유전체에도 이용
대개 부분 제한효소 절단으로 길이가 1.5Mb까지 되는 절편으로 유전체를 자르고, 수용능력이 큰 벡터에 클로닝한다.
- 중복된 절편을 가진 클론을 확인하여 클론 콘티그를 구성하고 샷건법으로 각각 염기서열을 결정한다.

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